O tanque de augas profundas, que se atopa na sala Maremagnum, ábrese ao público tras unha remodelación da instalación. Neste tanque recréase un ecosistema de fauna profunda, con especies que viven entre os 100 e os 400 metros de profundidade, en auga fría, a 12 graos, e con escasa luz.

Neste acuario preséntase un conxunto de especies atlánticas e próximas ás nosas costas adaptadas a vivir en augas profundas. Entre os peixes atopamos algúns realmente curiosos pola súa morfoloxía, como o peixe trompeteiro (Macrorhamphosus scolopax), que chama a atención pola súa boca con forma de tubo, ou o peixe de tres colas (Anthias anthias), con grandes e delicadas aletas. Tamén resulta curioso o peixe ochavo (Capros aper), que ten forma arredondeada e ollos grandes; e entre os invertebrados destacan os pequenos cangrexos xastre (Galathea strigosa), doados de recoñecer polo seu cacho vermello sobre o que mostran bandas azuis transversais.

Existe unha chaira abisal a só a uns 200 quilómetros ao oeste das nosas costas e situada a pouco máis de 5.000 metros de profundidade; nunha das súas ladeiras elévase o monte submarino da Coruña, cunha altura de 1.000 metros. Un dos habitantes destes abismos, o tomás (Epigonus telescopus), pódese atopar en ocasións nos mercados galegos. A súa aparencia lembra a dos estraños peixes abisais, cuns ollos enormes, grandes escamas e corpo groso e de cor negra-violáceo.