El tanque de aguas profundas, que se encuentra en la sala Maremagnum, se abre al público tras una remodelación de la instalación. En este tanque se recrea un ecosistema de fauna profunda, con especies que viven entre los 100 y los 400 metros de profundidad, en agua fría, a 12 grados, y con escasa luz.

En este acuario se presenta un conjunto de especies atlánticas y cercanas a nuestras costas adaptadas a vivir en aguas profundas. Entre los peces encontramos algunos realmente curiosos por su morfología, como el pez trompetero (Macrorhamphosus scolopax), que llama la atención por su boca con forma de tubo, o el pez tres colas (Anthias anthias), con grandes y delicadas aletas. También resulta curioso el pez ochavo (Capros aper), que tiene forma redondeada y ojos grandes; y entre los invertebrados destacan los pequeños cangrejos sastre (Galathea strigosa), fáciles de reconocer por su caparazón rojo sobre el que muestran bandas azules transversales.

Existe una llanura abisal a sólo a unos 200 kilómetros al oeste de nuestras costas y situada a poco más de 5.000 metros de profundidad; en una de sus laderas se eleva el monte submarino de A Coruña, con una altura de 1.000 metros. Uno de los habitantes de estos abismos, el tomás (Epigonus telescopus), se puede encontrar en ocasiones en los mercados gallegos. Su apariencia recuerda la de los extraños peces abisales, con unos ojos enormes, grandes escamas y cuerpo rechoncho y de color negro-violáceo.