El primer Palacio de Capitanía se levanta allá por el siglo XVI en el mismo terreno donde está situado el actual. El paso del tiempo deteriora de tal forma el viejo edificio de solados de madera que el siglo XVIII ve como acaba definitivamente su vida útil.

En 1748, por Real Orden de Fernando VI se reedifica en el mismo solar un nuevo edificio, que deberá contar con reloj, cisterna, habitaciones para la vivienda del capitán general y las dependencias del tribunal de la Audiencia. Para financiar las obras, se acordó crear un impuesto de un maravedí por cada azumbre de vino que se cosechase en Galicia.

En el proyecto inicial, del ingeniero militar D. Juan de Vergel, se plantea un edificio de tres plantas, rectangular y con un patio interior. El 6 de noviembre de 1748 se coloca la primera piedra del edificio. Vergel fallece en 1750, sustituyéndole D. Francisco Llovet, que dirige las obras hasta su conclusión, introduciendo importantes cambios hasta el punto que se cree que sólo respeta las dimensiones de la planta y del patio interior. La construcción del edificio, que cuenta con dos entradas para diferenciar claramente las dependencias de la Real Audiencia de las de la Capitanía General, tiene una duración de cuatro años, dos más de los previstos.

Las sucesivas intervenciones hasta el mismo siglo XX sólo afectarán a la distribución interior, la cisterna, las canalizaciones de pluviales y las naves abovedadas del sótano del edificio para archivo.

En 1910, la planta alta se destina a zonas nobles y vivienda del Capitán General, en el lateral izquierdo del edificio se construyen las cuadras que se transformarán progresivamente en garajes y el archivo, en los sótanos del edificio, se reconvierte en dormitorios.

Finalmente, en 1996, se realiza la última reforma de importancia que afecta tanto al Palacio como a la Plaza de la Constitución.