Estas circunstancias propiciaron que el Ministerio de la Marina decidiera en 1785 restaurar la Torre de Hércules como parte del plan general de mejora y de modernización del puerto de A Coruña. El Capitán General de Galicia, Pedro Martín Cermeño, máxima autoridad del reino, respaldó abiertamente el proyecto y en 1787 le encargó al ingeniero militar Manuel de Navacerrada un informe exhaustivo del estado en que se encontraba la Torre. En ese documento, Navacerrada aboga por que se conserve la estructura del faro romano y se adapte a los avances técnicos de la señalización marítima, en lugar de derribarlo y construir otro nuevo. Esta opción era la más económica, argumento nada desdeñable, pero además permitía consolidar un monumento que era el símbolo de la ciudad, aspecto que defendía el académico José Cornide Saavedra. El 4 de enero de 1788, el rey Carlos III autorizó la restauración de la Torre que iba a financiar el Consulado del Mar.

Entre los meses de marzo y junio de 1788, el ingeniero militar Eustaquio Giannini elaboró el proyecto. Durante ese tiempo contó con la inestimable ayuda de José Cornide, que aportó sus conocimientos sobre la Torre para que su intervención fuera lo más respetuosa posible con los restos conservados y contribuyera a su valoración. El resultado de esta colaboración fue un ejemplo paradigmático de restauración arquitectónica en el que Giannini-Cornide hacen una reflexión profunda de los criterios de intervención que deben aplicarse a un monumento romano. Buena parte de la investigación realizada fue publicada por José Cornide en 1792 en Investigaciones sobre la fundación y fábrica de la Torre llamada de Hércules, una obra que sigue siendo clave para el estudio del faro.